Die Kritikpunkte sind vielfältig.
ZB
- Die Möglichkeit von falsch-positiven Ergebnissen ist erhöht.
- Es werden nur saure Refluxe erkannt. Die nicht-sauren können aber auch Symptome auslösen, vor allem durch die Pepsine. Aber auch andere Sekrete, die aufsteigen, können Symptome verursachen.
Daneben gibt es auch andere Ursachen der LPR-Symptome. ZB gibt es Hinweise darauf, dass neuronale Ereignisse im distalen Ösophagus über Reflexbögen zB Verschleimungen im Hals, post-nasal-drip und Husten auslösen können.